郑成功的自信既源自于他的性格，同时，也来自他一手擎天的非凡统御力。这支东南最强大的抗清力量，与南明历史上其他任何一支抗清力量相比较，其特点是拥有一个绝对的领袖，其他任何人都不足以挑战郑成功的权威。在南明，军事将领拥兵自兵，飞扬跋扈是很难以制约的，只有郑成功的军队中不存在这种现象。施郎曾经想要挑战郑成功的权威，但他很轻松地被打倒了，如果不是逃得及时，可能早被郑成功杀掉了。损失一员名将固然可惜，但郑成功却捍卫了自己不可动摇的领袖地位，一个内部团结的坚强组织，才能锻造出一支铁一般的军队。
随着军队规模的急剧扩大与地盘的扩张，新占据的地方都必须设立官员，地方官员人数的增多，使得一向事必躬亲的郑成功也疲以应付。针对事务繁多的现状，郑成功设立六官，以及司务、察言、承宣、审理等官职，郑氏政权略现雏形。
六官就是参照明代的六部而设，分别是吏、户、礼、兵、刑、工等官职。有人认为这是郑成功越制专擅之举，其实这种说法是没根据的。
六官的设置，是得到永历帝的批准，这主要是郑成功远离永历帝驻所，而且中间隔着广阔的清占区，不可能在官员任免上都要经过永历朝廷的批准，所以永历帝准许郑成功便宜委用文武官员。因为军事作战在当时具有压倒性的重要性，所以永历帝允许郑成功所设立的武职最高可至一品官职，文职上可设六部主事。
郑成功又向永历帝奏明，六部主事在官衔上级别太低，难以管理其他官员。郑成功提出这点是有道理的，在明代官制中，六部主事的官衔在六部司官中属于级别最低，仅为正六品。在主事之上，还有员外郎、郎中、侍郎、尚书等。所以永历帝便采取权宜之计，在郑成功控制下的地区，六部主事的官衔参照侍郎的等级，即为正二品。
这样，在郑成功系统内，便建立起一套完整的官僚制度，之后，郑成功又设立六察官，起到监督官员的作用，进一步完善内部机制。虽然郑成功名义上是永历的臣子，但实际上他就是东南地区的统治者，他并不受永历帝的遥控与指挥，但这也没有表明他想当皇帝，终其一生，他是大明帝国的孤臣。
有效的官僚分工体制，使郑成功得以从繁琐的事务中抽身，将更多的精力投入到军事上。
军队的战斗力是靠严格的训练得来的，郑成功在军事训练极其重视，甚至近于严苛。当时他住在思明在操练场上筑起演武楼台，以便随时可以驻宿于此。
郑成功的勤奋是难以令人置信的，他精力充沛，充满活力，不知疲倦。在士兵浑汗如雨地操练时，他一刻也未停歇，亲自下操练上指导军事训练。每位士兵无不调动起百分之百的注意力，以免引起这位严厉的统帅的挑剔。为了提高训练水平，郑成功惮精竭力，他发现现在所沿用的训练阵法已显得落伍，便花大力气调整，总结出一套五梅花操法，先以其中的一镇士兵来演练，他每日亲临督阵指导，开始时士兵们尚不能适应新的训练法，但半个月后，这支军队就可经可以非常熟练了演排新的阵法。于是郑成功将五梅花阵法向全军推广。此外，他还改进了水师水操法，并且刻印成小册子，以让所有的水师官兵能熟记于心。
这年四月，永历帝派遣周金汤、刘国柱携带敕印，封郑成功为\\"延平王”。这也是第二度封赐，去年郑成功谢绝了\\"延平王\\"的封号，这一次他没有再拒绝，自从以后，“延平王\\"与\\"国姓爷\\"一样，成为郑成功的代名词。
除了郑成功之外，忠振伯洪旭加封为少师，甘辉被封为\\"崇明伯”，王秀奇为\\"庆都伯”，赫文兴为\\"祥符伯”，万礼为\\"建安伯”，黄廷为\\"永安伯”，在海澄保卫战中有出色表现的冯举人被提拔为监军御史。
由于爵位的变更，赫文兴被升任为左提督，万礼被升任为后提督，王秀奇升任右提督。
郑成功的军队以镇为单位，每镇的兵力大约在二千人左右，兵力最盛时水师、陆师合计达到七十二个镇，总兵力约为十五万左右。戎旗镇是郑成功的近卫军，战斗力最强。戎旗镇的指挥官原本是王秀奇，由于王秀奇升任右提督，改由击破仙游城的援剿左镇林胜担任戎旗镇指挥官。郑成功下令在各镇中挑选最精锐的官兵，拔入戎旗镇。戎旗镇的编制为五个协，每协五正领，十副领，每位副领辖五十人，所以一协共有五百人，除了五协之外，还配备一个神机营，也就是火器营，戎旗镇总计有约有三千人。
南征军返厦后，由于水师右军的指挥官周瑞被免职，由洪旭兼任水师右军的指挥。
在郑成功军中，将领们即使加官进爵，也不意味着可以有稍稍的懈怠之心，在接下来举行的大阅操中，郑成功再次体现出他治军的严酷无情。
这次阅操主要是检阅军队对五梅花操阵法的掌情况，所有提督、镇将、营官全部集合在操练场上，其赏罚尺度，参照实战中的对敌赏罚军令。对郑成功来说，训练场上的训练水平，就是实战中可以发挥出的水平。
第一个倒霉的人是刚被封为\\"祥符伯\\"并提拔为左提督的赫文兴。赫文兴曾作为清军将领在云霄与潮州与郑军作战，后献海澄归降，看来他对郑成功的严酷还是了解得少点，在他督操时，居然出现队伍不整齐的情况。郑成功大怒，马上下令将赫文兴绑了，在操场上，当着众将士面，责罚四十棍；此言一出，所有将领大吃一惊，堂堂一个伯爵，一个提督，受此责罚成何体统，威信全无矣，于是大家纷纷求情，最后郑成功改为将赫文兴官职一级。赫文兴这回见识郑成功的厉害，因此悒悒不乐，一场惊吓后大病了一场。
赫文兴的督操官陈武被捆责，罚一百二十军棍。