六厅实际上是仿照朝廷六部的模式所设立。可分为典籍、司乐、百户、管勾、知印、掌书六个厅，组成一个小朝廷。典籍、司乐二厅掌管祭祀的典章和音乐；百户厅掌管林庙守卫，下设百户衙门，直接管理庙户等；管勾厅掌管收取租粮、租银，下设管勾衙门及屯官、总甲、小甲等，组成一套胥吏机构；知印、掌书二厅，掌管印信和文书。此外，还有从三品到九品的“圣庙”执事官四十员，属员几百名。国民党统治时期，还组织有武装奉卫队。

六厅之中，百户、管勾、典籍、司乐四厅，简称兵、农、礼、乐四司，是孔府统治管理的核心，为孔府统治庙户、佃户、乐舞生和礼生的重要机构。三堂六厅的存在，是普通中小地主和其他官僚地主所无法比拟的。

凡孔府佃户，庙户、仆役及孔氏族人犯了“法”，概由孔府“自行断结”，孔府可以开堂审讯，可以持“信票”随便抓人，也可以动刑具。孔府“合法”拥有一整套政治机构和管理体系。三堂、六厅的设置，使得孔府不仅是只是一个贵族府第，而且也是一个统治着一定数量土地和人民的具体而微的政权。

三堂、六厅之下，孔府的屯户、佃户也按保甲编伍，实行保甲制度。孔府从最基层开始，严格把户人管束起来。孔府的保甲自成体系，不归州县编制。孔府保甲的编审稽查皆由管勾厅专管38。孔府对保甲的编审要求比较严格，在排户登记后编牌、造册、填发门牌，清册一式两份，一份呈孔府以备稽查，一份移送所在州县备案，以防一户两隶。孔府的保甲是一个庞大的组织，仅孔府给予执照的庄头、总甲、小甲就达100 多人，还有总甲、小甲所雇佣的长催、抗褡之类收租人员，更不计其数。

孔府拥有历代王朝皇帝赐给的庙户、林户和屯户、佃户，一般统称“户人”。一经入“户”，子孙永远不得脱籍。可以说，这些佃户、屯户，实际上是孔府的“农奴”。孔府对他们拥有强大的人身控制权。这是有别于当时社会普通的租佃关系的——即便是大型官僚地主，也不可能如孔府般对佃户拥有人身控制权。即便是已经随母改嫁出去，只要是户人的儿子，其子孙仍然摆脱不掉户籍。

孔府控制下的“户人”，其实等同于孔府的“子民”——因为其强大的“微型政权”的独立性，孔府经常会发生与本朝政权抢夺“子民”的冲突。邹县殷文道、殷文珍兄弟，原籍滕县，祖父时迁居邹县，因邻屯有殷姓庙户，孔府便硬诬殷文道兄弟是脱籍户人。二人不服，反惹来杀身之祸。

因为孔府掌握有类似国家政权般的“合法”权力，所以孔府的租佃关系，往往较当时社会的一般租佃关系要紧张得多。

譬如，孔府佃户交租，除“正额”外，往往还有附加的“斗尖”和“地皮”。所谓“斗尖”，就是交租过斗时粮食要冒出尖来。尖到不能再尖而纷纷流下地面的，则叫“地皮”。斗尖、地皮佃户都不能收回，通常会流入孔府的“中层官僚”口袋。

交纳租银的佃户，同样会遇到附加的剥削。一个是“加耗”，每一两租银要加耗银一钱八分；二是“戥(一种小型的秤)头”，就是过秤时的附加，好银每两加一钱，次银加一钱五；三是“解费”，每交租银一两，外加解费(运送费)四分。名目繁多的附加，带来计算上的麻烦，孔府后来干脆直接规定：每两加四钱。这些是明文规定，胥吏们其他弄巧的手段就更不必说了。

灾年减租，是地主们的普遍性行为。但这一点同样不适用于孔府。因为孔府的地租是祭孔用的，事关“圣祖血食”，因而“丰年不增，歉年不减”，故素有“万年租”之称。