倭寇攻陷兴化后，刘显率兵逼近兴化，但因为兵少，刘显不敢擅自攻城，却因此被弹劾，背负罪名。但俞大猷也认为，在兵力不足的情况下，与倭寇在城外战，胜负参半，如果强行攻城，损失过重，反会被倭寇所灭，所以需要有足够的军队来合围。

嘉靖四十二年，朝廷以俞大猷为福建总兵官，并以谭纶为右佥都御史，巡抚福建前来支援，而都指挥欧阳深却中了倭寇埋伏搏战而死，倭寇遂占据平海卫。四月，戚继光率领浙江兵前来支援。戚继光到后，谭纶立刻筹备对倭寇的总攻，先在各海道上环立栅栏阻断倭寇归路，而后谭纶以刘显为左军，俞大猷为右军，谭纶自领中军，以戚继光为先锋，围攻平海卫，一举告破，斩首两千余级，俞大猷与戚继光等率兵追击，倭寇道路不通，又被斩杀三千多人。收复兴化后，因戚继光功劳最多，于是朝廷让戚继光代替俞大猷为福建总兵官。

嘉靖四十三年，潮州倭寇纠集两万多人，与海盗吴平互为犄角，而此时，少数民族首领蓝松三、伍端、温七、叶丹楼、程绍录、梁道辉等也开始作乱。俞大猷之前有招降这些少数民族部落的经验，而后又多次歼灭倭寇，很有威名，于是俞大猷单枪匹马去招降程绍录，又让程绍录劝梁道辉归降。惠州参将谢敕与伍端等交战，打不赢，就说“俞家军”来了，伍端等首领赶忙逃回山寨，不久，俞大猷果真来到惠州，将温七擒获。伍端见温七被擒，于是负荆请罪来俞大猷军中，请求攻打倭寇开弥补自己的过失。俞大猷于是以伍端为先锋，在邹塘围攻倭寇，焚杀倭寇四百多人。倭寇全部逃到崎沙、甲子等处，抢夺渔民船只向大海方向逃去。倭寇船只在海中多遇风沉没。侥幸脱险的二千多人，退守海丰金锡都。俞大猷率军将其包围两个月，倭寇粮食断绝，打算逃走，却被副将汤克宽设伏兵击败，手刃倭寇首领三人，参将王诏等人随后赶到，将倭寇全部剿灭。俞大猷于是转移到潮州，将蓝松三、叶丹楼、吴平等招降。

嘉靖四十四年，吴平造船几百艘，聚众一万多人，筑城造反，在劫掠滨海诸郡，戚继光率军将吴平击败，吴平逃往南澳，不久之后，吴平攻掠福建，把总朱玑等战死。俞大猷率领水军，戚继光率领陆军，二人夹击南澳，大破吴平，吴平只身前往凤凰山。戚继光留守南澳，俞大猷部将汤克宽、李超前往攻打，但却遭遇失败，吴平抢夺民船逃到海上，俞大猷遭到巡按御史的弹劾，被免官。而吴平又被汤克宽在万桥山歼灭，吴平生死不明。

讨平流寇嘉靖四十五年，李亚元在河源、翁源一带作乱，总督吴桂芳征兵十万，派俞大猷前往征讨，俞大猷分兵五哨（古代军事编制单位），直岛李亚元巢穴，前后俘斩一万四百余人，夺回百姓八万余人。朝廷于是以俞大猷为广西总兵官，授平蛮将军。而后伍端病死，伍端部下王世桥叛乱，并劫持同知郭文通，俞大猷率军前往将击败，王世桥部下将其捆绑来献给俞大猷，俞大猷官进署都督同知。

隆庆二年,海贼曾一本在广州、福建叛乱，澄海知县被擒，守备李茂才战死，朝廷于是让俞大猷暂时督广东兵前往征讨，俞大猷率领郭成、李锡军等将其剿灭，将曾一本擒杀。俞大猷官进右都督。

隆庆五年，广西黄朝猛、韦银豹作乱，劫杀官军百姓，抢夺财物。巡抚殷正茂征兵十四万，派俞大猷前往讨伐，俞大猷兵分四路，连破贼巢几十个，韦银豹等退保潮水，潮水地势非常高，俞大猷连续攻打了十多天没有攻下，于是佯攻马浪，派参将王世科趁雨夜上山设伏，黎明时开始攻山，将敌人全部歼灭，斩首八千四百余，并生擒黄朝猛、韦银豹。俞大猷因功子孙世袭指挥佥事。

万历元年，海贼突袭闾峡澳，俞大猷被免官，后又再次被启用训练车营。

万历八年，俞大猷连续上疏三次，请求高老还乡。而后病死。朝廷追赠赠左都督，谥武襄。